S1, A1: Het is 2062. Twintig jaar nadat Project Elysion is mislukt en de aarde is verwoest, wordt een meisje, Empress, wakker in een ondergronds onderzoekslaboratorium. Zonder enige herinnering aan haar verleden ontmoet Empress Norito en Miya, en ze gaan naar de oppervlakte. Daar worden ze aangevallen door een Titans Drone infanterie-eenheid. Een Black Trike redt hen uit deze benarde situatie, en zegt Empress te kennen.