In dit vervolg op de hitfilm Journey to the Center of the Earth ontvangt de 17-jarige Sean (opnieuw gespeeld door Josh Hutcherson) een gecodeerd noodsignaal van een mysterieus eiland – een plek met vreemde en gevaarlijke levensvormen, dodelijke vulkanen en verbazingwekkende geheimen! Sean besluit naar het eiland af te reizen. Na vergeefse pogingen om hem tegen te houden, sluit zijn stiefvader (Dwayne Johnson) zich uiteindelijk bij hem aan. Samen met een helikopterpiloot (Luis Guzmán) en zijn mooie, eigenzinnige dochter (Vanessa Hudgens) gaan ze op zoek naar de eenzame eilandbewoner. Haast is wel geboden, want het eiland dreigt door aardschokken in zee te verdwijnen en al zijn schatten met zich mee te nemen.