Twee jaar na het ongelofelijke succes van Sammy's avonturen zijn de schildpadden Sammy en Ray terug! De twee hartsvrienden genieten samen van hun oude dag op een prachtig eiland. Maar dan, net wanneer ze hun kleinkinderen Ricky en Ella voor de eerste keer naar de zee leiden, worden de vrienden gevangen genomen door stropers. Ze belanden in een groot aquarium in Dubai. Daar worden ze al snel gerekruteerd door het zeepaardje Big D, de leider van de groep, die grootse plannen koestert om te ontsnappen. Sammy en Ray hebben echter weinig vertrouwen in Big D en werken met hun nieuwe vrienden aan een eigen plan. Ondertussen hebben de kleine Ricky en Ella hun weg gevonden naar het aquarium en ze zijn vastbesloten om de opa's te redden.