Archer jaagt op genetisch gemanipuleerde mensen, Augments genaamd, die verantwoordelijk zijn voor een Klingon aanval.
Angels vreemde gedrag overtuigt de bende ervan dat hij zich heeft aangesloten bij een elitegroep van boosdoeners genaamd de Circle of the Black Thorn, een groep waar hij alleen lid van kon worden door een van zijn eigen team te doden.
Tegen de wil van hun 'vader', smeden de Augments een complot tegen de Klingons, wat op oorlog zou kunnen uitlopen.
Soong en de Augments gaan naar Cold Station 12 waar honderden genetisch gemodificeerde embryo's liggen.