Het tweede deel van een overlap met de serie Chicago Fire: gebruikmakend van informatie van Cruz van Chicago Fire, jaagt de inlichtingendienst op een roversbende die de sleutel van de lockbox gebruikt.
Een heel appartementencomplex moet in quarantaine als er een epidemie uitbreekt van een dodelijk virus. De politie volgt een spoor dat zou kunnen wijzen op bioterrorisme, en Will komt gevaarlijk dicht bij de verdachte.
Na de werkelijke oorzaak van de stijging van het aantal branden te hebben achterhaald, haast de inlichtingendienst zich om de verantwoordelijke te vinden.
Nadat ze degene die verantwoordelijk is voor het bioterrorisme dat Chicago in zijn greep houdt eindelijk hebben opgespoord, bereidt de PD zich voor op hun grootste klopjacht ooit.
Inlichtingen onderzoekt een reeks bomaanslagen die zijn gericht tegen medewerkers van de media. In een race tegen de klok schakelt het team Kazerne 51 in om te helpen de apparaten te onderzoeken en een nieuwe aanslag te voorkomen.