Als een veroordeelde moordenaar Patrick Jane belooft informatie te geven over Red John als hij wordt vrijgelaten, verlaat Patrick het CBI om te bewijzen dat de gevangene onschuldig is.
In de première van seizoen drie wordt Chandler naar Azië gestuurd om een mogelijke mutatie van de rode griep te onderzoeken, terwijl Slattery en zijn bemanning een onverwachte bedreiging in de regio vinden.
Amerika wordt geconfronteerd met een tragedie terwijl Chandler de mogelijke virusmutatie verder onderzoekt.
De Nathan James moet een overweldigende dreiging ontlopen, terwijl een onthulling in St. Louis president Michener in een vreselijke positie brengt.
Chandler wordt geconfronteerd met een moeilijke beslissing wanneer er een vreemd bevel van het Witte Huis binnenkomt.