Inlichtingen komt een lid van een burgerwacht op het spoor die verkrachters vermoordt. Het onderzoek komt dichtbij huis voor Burgess (Marina Squerciati) die zich begint af te vragen of de mannen die haar zus aanvielen wel voldoende voor hun daden zijn gestraft.
Een gevarieerde groep rekruten komt aan op de FBI-academie in Quantico om getraind te worden. Ze zijn de beste, slimste en best doorgelichte nieuwelingen, dus het lijkt onmogelijk dat een van hen het brein achter de grootste aanslag op New York sinds 11 september 2001 kan zijn.
In Quantico krijgen de rekruten een training in het bevrijden van gijzelaars die Alex doet twijfelen of ze het wel kan en of ze misschien moet stoppen met de opleiding. In de toekomst blijft Alex zoeken naar aanwijzingen en vindt ze een aanwijzing die de onschuld van een bevriende klasgenoot in twijfel trekt. Maar is de aanwijzing echt wat ze denkt? Niemand is wie hij lijkt te zijn.
Ray is van plan zijn vader terug naar de gevangenis te sturen; Abby trotseert Ray terwijl hij twee crises heeft.
Ray's leven komt in rep en roer als zijn vader vijf jaar te vroeg uit de gevangenis wordt vrijgelaten.