Een jonge FBI-agent krijgt de opdracht een collega-agent in de gaten te houden, maar raakt betrokken bij zijn onderzoek naar paranormale en onverklaarde fenomenen.
Tijdens een onderhandeling bij een gijzeling krijgt Mulder medelijden met een schutter die beweert slachtoffer te zijn van experimenten door buitenaardse wezens.
De agenten moeten het opnemen tegen hun oude vijand, Alex Krycek, bij een jacht op een radioactief wezen dat is ontsnapt uit een gezonken wrak uit de Tweede Wereldoorlog.