S1, E2: I andre episode av Chain of Command fortsetter kampen mot ekstremisme verden rundt. I Irak, etter at den amerikanske og irakiske koalisjonen får kontroll over østlige Mosul, flytter kampen seg til byens vestside. I mellomtiden forbereder en sersjant i marinesoldatene seg til å dra til Afghanistan, og på den karibiske øya Trinidad sliter det muslimske samfunnet med å takle at deres unge forlater landet for å kjempe for ISIS.