Classroom of the Elite

Ayanokoji Kiyotaka har registrert seg for Tokyo Metropolitan Prep High School, som sies å ha en rate på 100 % fortsettelse til høyere utdanning og ansettelse. Klassen hans, 1-D, er imidlertid fylt av bråkmakere som ikke engang burde være på denne typen skole i første omgang. Elevene mottar også 100 000 yen i poeng ekvivalent til kontanter hver måned, noe som lar dem tolerere også en «hands-off-policy» i klassen, der sladder, halvsoving og sabotasje er tillatt. Selv om enkelte elever lever en lettsindig livsstil, er noen ukomfortable med det… Suzune Horitaka er en vakker ung jente som holder seg for seg selv og fullstendig unngår samhandling med de andre. Hun legger til at det er mange muligheter på skolen som «en hjelp for de som ikke har penger», selv om elevene mottar et stort beløp i kontanter. Til slutt, én måned senere, finner Ayanokoji, Horitaka og resten av D-klassen ut sannheten om skolesystemet …

Hvert kull er kategorisert fra A til D, basert på elevenes evner, og D-klassen er taperklassen der alle de «mislykkede» elevene er samlet. På grunn av laissez-faire livsstilen deres under den første måneden etter at de registrerte seg, feilet alle fullstendig skolens evaluering, og deres månedlige godtgjørelse på 100 000 yen verdt i poeng ble fjernet fullstendig fra kontoene deres. D-klassen ble tvunget til å leve i ekstrem fattigdom, i tillegg til å bli fortalt den strenge regelen at de neste gang de strøk på en eksamen ville bli umiddelbart utvist, noe som førte til raseri. Samtidig mener Horitaka at hun ikke skal være i D-klassen, og ønsker å komme seg oppover til A-klassen. Ayanokoji bestemmer seg for å hjelpe. Deres første utfordring er imidlertid å bestå den kommende tentamen uten å få noen feil.

I kontrast til skolens forventninger, fullførte D-klassen tentamen med høye karakterer. Dette var på grunn av Horitakas desperate anstrengelser og Ayanokoji, som også hadde trukket i trådene bak kulissene. Men Sudo, som hadde vært mest engstelig under tentamen, stakk seg ut med ikke å nå mål med 1 poeng. I ett siste forsøk prøver Ayanokoji å oppheve resultatet som allerede hadde avgjort utvisningen hans.

Sudo har angrepet en elev i C-klassen. Etter vurdering fra elevrådet noen dager senere, og avhengig av resultatet, vil poeng bli trukket fra D-klassen som et resultat. Mens han forsøker å oppdage bevis for å støtte Sudos påstand om selvforsvar, går Ayanokoji sammen med lederen av B-klassen, Ichinose. Det ser også ut som om Ryuen, lederen i C-klassen, kan være involvert I hendelsen bak kulissene…?

En ung jente, Sakura, har visstnok vært vitne til angrepet. Det er bare hun som kan støtte Sudos påstand om selvforsvar, men hun nekter å komme med et vitnemål. Mens datoen for elevrådets vurdering sakte nærmer seg, har Ayanokoji og vennene fortsatt vanskeligheter med å få Sakura til å samarbeide. I realiteten blir støtte gitt til den skadede C-klassen, og D-klassen er presset inn i et hjørne.

Sakuras vitnemål bringer vurderingen rundt angrepssaken til uavgjort. Ayanokoji og Horitaka begynner å se etter en måte å få den neste vurderingsrunden til å gå enda mer i deres favør. Sakura legger merke til skyggen av en mistenkelig mann som flimrer rundt henne. Airi Sakuras andre ansikt som gravyr-idolet «Shizuku» kommer frem i lyset og en entusiastisk fan som har blitt forfølger har brutt seg inn på skolen…!