Han har levd i isolasjon hele livet, men nå må Nagate tilpasse seg et liv i en århundregammel romkoloni som pilotkadett og lære seg å kjempe mot en eldgammel trussel.

Nagate hjemsøkes av sin første strid mot Gaunaene. Senere treffer han elitestyrkepilotene fra Sidonia.

Mens han utforsker Sidonia blir Nagate uvenner med Kunato da han beskytter en venn. Gaunaene angriper og sender pilotene ut i kamp.

Etter en ulykke om bord Sidonia blir Nagate og teamet hans beordret til å hente tilbake et verdifullt våpen. Senere trosser han ordre for å redde en venn.

Nagate og Shizuka driver rundt i verdensrommet og går sakte tom for forsyninger mens de venter på et redningsfartøy fra Sidonia som er for langt borte til å sende hjelp.

Nagate og hans spesialenhet uteksamineres og blir raskt sendt inn i striden da fienden vender tilbake. Kunato utforsker Nagates bakgrunn.