I det Kurt Wagner (Nightcrawler) tilpasser seg sitt nye hjem ved Xavier-instituttet forsøker Mystique å spionere på anlegget. Hun hyrer Todd Tolansku (Toad), en mutant med froskelignende evner, til å speide.

Kitty Pryde fra Chicago oppdager sine mutant utfasingsevner. Xavier sender Jean Grey på et oppdrag for å rekruttere henne, kun for å oppdage at hun allerede har blitt overtalt av Lance Alvers, også kjent som mutanten Avalanche.

Når Rogue ved uhell utløser hennes mutantkraft ved å absorbere en gutts minner, styrker og evner, drar X-Men til Caldecott County, Mississippi, for å rekruttere henne. Men, Mystique er ikke villig til å la henne ute av synet for å bli en av dem, så Destiny og Mystique får Rogue til å først overbevise henne om at X-Men er på jakt etter henne. Til slutt blir hun med broderskapet.

Fred Duked (Blob), en tidligere underholder i Texas, blir vervet av Mystique inn i Bayville High. Men hans korte temperament og boblete bredde forhindrer ham fra å få venner. Hen får litt hjelp fra Jean Grey til å finne seg fram på skolen, men ting blir verre når han forveksler dette for kjærlighet.

Evan Daniels, Ororo Monroe/Storms nevø, viser fram mutantevnen hans til å skyte beinpiler. Til tross for kreftene hans, nekter han å bli med X-Men i starten. Men, når tidligere basketball-lagkamerat Pietro Maximoff (Quicksilver) stadig stjeler penger fra ham (i tillegg til å få ham i trøbbel), godtar Evan tilbudet i et forsøk på å bekjempe hans tidligere venn.

En dag kolliderer Kurts barnslige oppførsel med Scotts blodige alvor en gang for mye. Senere aktiverer Kurt (i hans sanne form) et apparat som transporterer han til en parallell dimensjon. Der møter han Forge, som har vært fanget det siden 70-tallet, og sammen, lager de en plan for å bryte seg ut og returnere til deres normale dimensjon. Ting blir komplisert når de andre X-Men finner apparatet og broderskapet prøver å stjele det fra dem.