En el final de la sexta temporada, el CSI sigue el rastro de Shane Casey y se dan cuenta de que va a atacar a Danny, que está de vacaciones fuera de la ciudad con Lindsay y su hija.
El último deseo de un condenado a muerte lleva al Dr. Hawkes a una prisión de Pensilvania y lo enfrenta a un trágico incidente que mantuvo en secreto por muchos años, en ese momento se generan disturbios en la prisión y Hawkes queda atrapado.
Cuando encuentran a una estudiante decapitada en la fiesta de una hermandad, todo el equipo trabaja en el difícil caso. Las víctimas usan camisetas con un logotipo inspirado en la mitología griega que ofrece pistas y mensajes ocultos.
El CSI queda pasmado cuando arrestan a Sheldon Hawkes mientras corría por la mañana como el principal sospechoso en el asesinato de un cantinero.