La vida de Dexter parece haber retomado su curso hasta que pone en la mira a un traficante de droga que parece ser el objetivo de Miguel Prado, fiscal asistente. Asuntos Internos presiona a Debra para que delate a su nuevo compañero.
En el final de la tercera temporada, Dexter intenta calmar a Ramon, inestable emocionalmente, ahora que Miguel está fuera del panorama. Debra está por recibir su chapa de detective, pero queda cegada con una información que podría estropiarle el ascenso.
Dexter encuentra a un colega depredador, pero este es pedófilo. Inculpan a Freebo de un asesinato, pero Dexter sabe la verdad. Mientras tanto, lucha contra su amistad con Miguel, que empieza a crecer.
Dexter pelea para convencer a Rita de que su propuesta de matrimonio es sincera y romántica. Ramon, el hermano vengativo de Miguel, busca desesperadamente al asesino de su hermano, quien ha sido asesinado en secreto por Dexter.
Dexter se entera de la historia de un hombre que se zafó del asesinato de dos esposas para ganar dinero y lo rastrea hasta Bimini, pero Rita tiene una emergencia médica mientras Dexter ha desaparecido.
