Mientras Richard Woolsey (Robert Picardo) intenta mantener su posición como líder de Atlantis y McKay (David Hewlett) y Zelenka (David Nykl) investigan un hallazgo misterioso, Sheppard es capturado por un enemigo con planes de invadir la ciudad.
El equipo de la UAC se acerca al asesino en serie mientras continúa con su serie de asesinatos por todo Los Ángeles con la hija del detective Spicer secuestrada como su rehén.
Una serie de apagones en la ciudad de Los Ángeles hace que un asesino en serie salga de su escondite, dándole nuevas oportunidades para continuar con su matanza.
El equipo busca un valioso Módulo de Punto Cero que estaría oculto en el planeta Dagan, donde los sudarianos recibieron el módulo hace más de 10 000 años. En su búsqueda, el equipo empieza a preocuparse por sus nuevos aliados y sus intenciones.
Sheppard y Teyla descubren que una gran tormenta se aproxima. El equipo debe evacuar la ciudad, y los manarianos se ofrecen a darles refugio. Mientras buscan una forma de activar el escudo, la ciudad es invadida por los Genii.