Adaptación original de la novela de James Clavell, Shōgun de FX está ambientada en el Japón del año 1600, en los albores de una guerra civil que marcará un siglo. Lord Yoshii Toranaga lucha por su vida mientras sus enemigos en el Consejo de Regentes se unen contra él. Cuando un misterioso barco europeo aparece encallado en un pueblo pesquero cercano, su piloto inglés, John Blackthorne, llega cargado de secretos que podrían ayudar a Toranaga a inclinar la balanza del poder y devastar la formidable influencia de los propios enemigos de Blackthorne: los sacerdotes jesuitas y los mercaderes portugueses. Los destinos de Toranaga y Blackthorne están inextricablemente ligados a su traductora, Toda Mariko, una misteriosa noble cristiana y la última de un linaje caído en desgracia. Mientras sirve a su señor en medio de este tenso panorama político, Mariko debe reconciliar su recién descubierta compañía con Blackthorne, su compromiso con la fe que la salvó y su deber para con su difunto padre.