Después de que la misión encubierta de Sam en Sudán se vuelve mortal, Callen y el equipo de NCIS deben rastrear a su agente antes de que sea demasiado tarde.
Sam recibe un código de alerta de su hijo Aiden de que un grupo extremista entró en su escuela, y Sam, Callen, Kensi y Deeks van a San Francisco a proteger a Aiden y liberar a los rehenes.
Cuando un vehículo que transporta a Jada Khaled es emboscado, el NCIS debe localizar al culpable, para salvarla a ella y al caso. Mientras tanto, Sam se ve forzado a enfrentar a Jada por primera vez desde su regreso de Sudán.
Sam y Callen hallan material de la familia de Sam en África, y viajan para saber quién es responsable y por qué. Llevan a la familia de Sam a un refugio. Ella Thomas vuelve como Jada Khaled.
Michelle, la esposa de Sam, es secuestrada y los secuestradores exigen la liberación de Tahir Khaled, archienemigo de Sam, a cambio de información sobre su paradero.
