Mientras el comando investiga el asesinato de un cazador de recompensas después de haber aprehendido a un fugitivo escondido en Hawái, Rachel revela a Danny un secreto largamente guardado, lo cual trae graves consecuencias. Además, al aproximarse la boda de Kono, Chin manifiesta su preocupación a McGarrett de que Adam aún trabaja con la yakuza en el final de la quinta temporada.
Cuando McGarrett y su equipo se acercan, el maestro criminal Wo Fat se venga del comando. Y sin el apoyo de la gobernadora, el enfrentamiento de McGarrett con Wo Fat podría significar el fin del comando.
Cuando asesinan a la hija de un juez, el comando debe averiguar por qué antes de que haya más asesinatos. Matt, el hermano de Danny, visita la ciudad, pero no precisamente para un reencuentro familiar.
Cuando desaparece la única testigo de un caso de homicidio de gran repercusión mediática, el comando debe adentrarse a la jungla para localizarla y protegerla de asesinos que se le acercan rápidamente.
La información de la agente Kaye ayudó al comando a acercarse a capturar a Wo Fat, pero antes de que pueda actuar, Danny queda expuesto a un químico letal. La investigación de este agente neurológico toma prioridad, ya que el comando debe evitar una amenaza de bioterrorismo en la isla.
