En el estreno de la segunda temporada, Penguin es el rey de Gotham y Gordon busca su ayuda cuando su moral vacila. Mientras tanto, Bruce Wayne explora los secretos de su padre.
Tras su reincorporación, Gordon debe rastrear a reclusos mortíferos que escaparon de Arkham, mientras que Bruce consigue la ayuda de un viejo amigo de su padre para descubrir secretos.