T11, E1: Seis meses após os acontecimentos da última temporada, Booth, Brennan, a filha Christine e o novo bebé a viverem uma vida de sonho, a um mundo de distância da vida de homicídios que deixaram para trás. Mas um caso com ligações pessoais fortes leva Brennan a envolver-se na análise forense de um corpo e Booth desaparece misteriosamente, levando a uma investigação do FBI sobre o seu paradeiro, liderada pela agente Grace Miller que trabalha com o agente James Aubrey. No entanto, a tensão aumenta quando Miller tenta investigar um dos membros da equipa e torná-lo o suspeito principal. O caso leva, também, Brennan a entrar em contacto com um familiar de Booth e com o estagiário Arastoo Vaziri, que ficou com o lugar de Brennan, como antropólogo forense-chefe na sua ausência, na esperança de que a posição temporária se torne permanente.