No ano de 2029, o mundo ficou interligado por uma vasta rede eletrónica que filtra cada aspeto da vida. Esta mesma rede também se transformou num campo de batalha para a força de segurança Secção Nove de Tóquio, a qual foi encarregada da apreensão do importante pirata informático conhecido como Puppet Master. A liderança da investigação é da responsabilidade da Major Motoko Kusanagi, que- tal como muitos no departamento dela – é uma agente ciborgue, de longe mais poderosa do que a sua aparência humana possa sugerir. E, ainda assim, tal como o Puppet Master, que é, no entanto incapaz de piratear as mentes humanas, deixa um rasto de vítimas despojadas das respetivas memórias. A Motoko começa a ponderar se a verdadeira natureza da sua existência: ela é apenas construída artificialmente, ou há mais? O que é que é exatamente o “fantasma” – a essência dela – na sua “concha” cibernética?