Em O mistério da escola encantada, voltamos a passar tempo com as nossas personagens favoritas Sofì, Luì e os seus amigos Pongo, a fada Cheri e o velhote sábio, mas também com os vilões Mr. S e Perfidia. Estes vilões malvados e os seus lacaios estão a tentar roubar outro objeto mágico, a ampulheta. Neste episódio, o tempo é o nosso protagonista. Os nossos heróis Luì e Sofì têm de viajar no tempo para dimensões diferentes. Enquanto o bem luta contra o mal, a ampulheta despedaça-se. Sofì vai parar ao antigo Egito com a desagradável Perfidia, enquanto Luì vai parar a um futuro tecnológico juntamente com o maldito Signor S. O pobre Pong e o velhote sábio ficam no presente. Será que Sofì e Luì vão voltar a unir-se e derrotar o malvado Mr. S de uma vez por todas?
