Um jovem rapaz tropeça numa misteriosa rapariga que cai literalmente do céu. A jovem Sheeta era perseguida por piratas e agentes secretos do governo. Para salvar a sua vida, os dois embarcam numa aventura pelos céus, através de todo o tipo de máquinas voadoras, para descobrirem a identidade secreta de Sheeta que parece estar ligada a Laputa, um castelo flutuante pertencente a uma antiga civilização.