Youkai que estão sendo exorcizados imploram a Natsume por ajuda. Ele descobre um espírito gentil em Tanuma, um garoto que também sente a presença dos youkai, embora não seja tão poderoso quanto Natsume.

O segredo de Natsume é descoberto por Sasada, a representante de classe, durante o "Teste de Coragem". Ela pede pela ajuda dele para achar o youkai que vive na escola abandonada. Natsume nega o fato de que é capaz de vê-los, mas Sasada não aceitará um não como resposta. Enquanto isso, o youkai, Shigure, captura o resto dos colegas de classe de Natsume, em fúria pela destruição da escola.

Natsume encontra uma passagem de trem perdida entre os pertences de Reiko, e decide ir à estação abandonada para descobrir por que ela guardou a passagem. Lá, conhece um youkai simples, chamado Santo, que esperava pela ida de Reiko a Kiriganuma, para ver seu amigo Mikuri e desculpar-se com ele. Porém, a viagem não é simples como parece...