Tudo o que existe foi feito para se extinguir. Este é o começo da história de dois androides e sua luta para defender a humanidade: 2B e 9S.

A Comandante da YoRHa manda 2B e 9S para ajudar a Resistência da humanidade contra as formas de vida mecânicas, e a líder de um dos grupos parece conhecer a androide da YoRHa.

2B e 9S se familiarizam com os integrantes da Resistência e chegam ao acampamento. Quando Jackass informa sobre as formas de vida mecânicas violentas que estão aparecendo no deserto, as unidades da YoRHa sugerem uma investigação conjunta.

2B e 9S recebem uma nova missão de reconhecimento após mais uma unidade YoRHa interromper suas comunicações. Embora a comandante do Bunker tivesse a intenção de enviar reforços, ela se vê obrigada a enviar apenas os dois androides.

2B e 9S são encarregados de ajudar a Resistência com uma missão de transporte. Embora a missão pareça simples, o destinatário da entrega deixa os androides surpresos.

Enquanto 9S vai consertar seu sistema de detecção de máquinas, Lily conta para 2B a respeito de suas experiências passadas com outra equipe da YoRHa.