Desde la muerte hace un año del que se creía el emperador más perverso de Britania, el mundo ha disfrutado de una paz sin precedentes bajo la dirección de la Federación de Naciones Unidas. Sin embargo, esta frágil calma se rompe cuando militantes armados consiguen secuestrar a la antigua princesa Nunnally vi Britannia y a Suzaku Kururugi, el principal asesor de los Caballeros Negros, desencadenando una crisis internacional. El poderoso y poco fiable reino de Zilkhstan es acusado de organizar su captura. Para investigar, las autoridades mundiales envían a Kallen Stadtfeld y a sus colaboradores a una operación encubierta en el país. Allí encuentran a la bruja inmortal CC, encargada de completar la resurrección del hombre responsable de la mayor revolución de la historia: una leyenda que se levantará, asumirá el mando y librará de nuevo al mundo del peligro.