La historia sigue los heroicos esfuerzos de los criptozoólogos de la agencia Monarch mientras tratan de luchar contra un grupo de enormes monstruos, incluyendo el poderoso Godzilla que se enfrenta a Mothra, Rodan y a su máxima némesis, el King Ghidorah de tres cabezas. Cuando vuelvan a surgir estas antiguas supercriaturas, que solo eran consideradas mitos, lucharán por la supremacía de poder, poniendo en riesgo la existencia de los humanos en el planeta.