HITMAN: AGENTE 47 gira en torno a un asesino élite que fue diseñado de manera genética, desde su concepción hasta ser una máquina asesina perfecta, y es conocido tan sólo por los dos últimos dígitos en el código de barras que se encuentra en la parte trasera de su cuello. Es la culminación de décadas de investigación —y cuarenta y seis clones de agentes previos—, que lo han dotado con una fuerza, velocidad, energía e inteligencia sin precedentes. Su objetivo más reciente es un mega-corporativo que planea revelar el pasado del Agente 47 para crear un ejército de asesinos cuyos poderes rebasen incluso el suyo.