En la Academia de Ninjutsu, Doi instruye a jóvenes ninjas conocidos como "Nintama". Un día, sale a combatir contra un ninja del clan rival, pero desaparece sin dejar rastro. Los Nintama se preocupan por la seguridad de Doi. Al mismo tiempo, la Academia recibe noticias preocupantes de que sus rivales en el Castillo Dokutake podrían estar tramando algo.