El destino del Área Tri-estatal, y del mundo, cuelga de un hilo mientras el Agente P y el dúo más dinámico de Danville forman equipo con cuatro de los superhéroes más grandes de Marvel: Iron Man, Hulk, Thor y el Hombre Araña. Todo el plan se frustra, como de costumbre para el Dr. Doofenshmirtz, hasta que una explosión de su "Drain-inator de poderes" rebota en la estación espacial de Phineas y Ferb, golpeando al Hombre Araña, Iron Man, Hulk y Thor. ¡Ahora los niños deben restaurar los poderes perdidos de los superhéroes antes de que un grupo de malvados supervillanos destruya el planeta! Afortunadamente, Nick Fury y S.H.I.E.L.D. también están en el caso, junto con el mejor agente de O.W.C.A., Perry el Ornitorrinco. ¿No son Phineas y Ferb un poco jóvenes para ayudar a evitar un posible desastre? Sí. ¡Sí que lo son!