Cuando unos investigadores descubren el fósil del Pokémon Mítico Mew, traen a la vida una creación que atenta contra las leyes mismas de la naturaleza; Mewtwo, un Pokémon Legendario destinado a ser usado como una herramienta de destrucción. Sin embargo, Mewtwo cobra consciencia de su propia existencia y ofendido por las acciones de sus creadores, comienza a buscar venganza contra los humanos, ¡y Ash, Pikachu y sus amigos quedan atrapados en medio del caos! Con el futuro del mundo Pokémon en riesgo, ¿podrán nuestros héroes superar el desafío de Mewtwo? ¿Y Mewtwo será capaz de encontrar un nuevo propósito en su vida?