El conserje y el director del Museo de Cultura de Tokio, son únicos testigos de la resurección del Samurai Negro; el cual haía prometido venganza. La pandilla tendrá que luchar contra el vengativo Samurái Negro y sus guerreros fantasmas para conseguir la antigua Espada del Destino, una espada legendaria que posee increíbles poderes. En su aventura, Scooby y Shaggy aprenden bushido junto al Maestro de la Espada, que les enseñará todas las técnicas de los samuráis. Además, tendrán que demostrar sus nuevas habilidades contra un imparable ejército de robots Ninjas.