Un joven genio de la música es secuestrado y Walter recuerda a un paciente en St. Claire, quien habría sido secuestrado por las mismas personas y obligado a tratar de averiguar la solución a una ecuación.
En el primer capítulo de la cuarta temporada, Gordon teme que Jonathan Crane/el Espantapájaros esté de vuelta en Gotham. El Pingüino habilita el delito en la ciudad y todo sale mal.
Danny hace olas en el departamento cuando investiga un caso cerrado, el suicidio de un bombero debido a la insistencia del hijo de 12 años del hombre.
Gordon debe probar que el departamento de policía continúa en control. Intenta atrapar a Jonathan Crane, pero se pone en una situación peligrosa en Arkham.