Una joven agente del FBI debe vigilar a otro agente, pero ella se involucra en sus investigaciones de fenómenos paranormales e inexplicados.
Mulder es llevado al año 1939 en una nave fantasma, donde él intenta evitar que los nazis maten a un científico nuclear.
Un comité de revisión investiga su la afrimación de Mulder sobre la existencia de extraterrestes y una conspiración gubernamental, los agentes persigen a una criatura extraterrestre letal.
Mulder cree que unos objetos metálicos descubiertos en África son prueba de que la vida se originó en otro lugar del universo.
Mulder y Scully descubren que la vida de un clarividente de 12 años está en peligro por su habilidad de resolver todos los fenómenos inexplicables en Los Expedientes X.