El Departamento de Investigación y Desarrollo de la Sociedad de Almas observa un aumento repentino en la cantidad de Huecos que son destruidos en el Mundo Humano, lo que genera preocupación entre el personal. Mientras tanto, los Segadores de Almas Ryunosuke Yuki y Shino Madarame llegan a Ciudad Karakura como sus nuevos protectores asignados. Pero ambos rápidamente se ven superados por los Huecos que encuentran. Justo cuando todo parece perdido, son salvados por el Segador de Almas Sustituto Ichigo Kurosaki y sus amigos. Dos días después, Ryunosuke ya recuperado, conoce más sobre Ichigo y sus amigos cuando comparte una comida con ellos, en la que un hombre enmascarado aparece repentinamente. Mientras tanto, también comienzan a ocurrir extraños incidentes en toda la Sociedad de Almas.

Ichigo y sus amigos escuchan la noticia del Teléfono de Almas de Ryunosuke de que la Sociedad de Almas ha sufrido muchas bajas tras un ataque de intrusos desconocidos. Al día siguiente, Ichigo todavía inquieto está patrullando la ciudad cuando de repente recibe la visita de Nel Tu y Pesche Guatiche, los Arrancar que lo acompañaron durante su breve tiempo en Mundo Hueco. Los dos Arrancar han venido a buscar la ayuda de Ichigo y le explican que su mundo natal, Mundo Hueco, también está siendo atacado por un enemigo desconocido. Incapaz de ignorar la situación, Ichigo y sus amigos deciden partir hacia Mundo Hueco con la ayuda de Kisuke Urahara.

Con la ayuda de Kisuke Urahara, Ichigo y sus amigos llegan a Mundo Hueco para confrontar a Quilge Opie y descubren que sus más recientes enemigos son Quincy. Mientras tanto, capitanes de los Trece Escuadrones de Guardias de la Corte llegan a la misma conclusión sobre la identidad de los intrusos que se infiltraron en la Sociedad de Almas para declarar la guerra contra el Capitán General Shigekuni Genryusai Yamamoto. Después de escuchar el reporte completo, Yamamoto ordena a todos los capitanes que se preparen para la guerra que se avecina en cinco dias. En otro lugar, Yhwach, líder del Wandenreich, planea su siguiente movimiento.

El Wandenreich moviliza a su fuerza de élite, los Stern Ritter, para aniquilar a la Sociedad de Almas. Creando enormes pilares llameantes de Partículas Espirituales como una distracción, los Stern Ritter ingresan fácilmente a la Sociedad de Almas para llevar a cabo la mataza de los Segadores de Almas. En cuestión de minutos, los Trece Escuadrones de Guardias de la Corte sufren numerosas bajas. Los capitanes de Escuadrón se apresuran a unirse al frente, pero incluso sus ataques son ineficaces contra los enemigos. Sin otra opción, Byakuya Kuchiki y varios otros capitanes deciden ejecutar el Bankai con la esperanza de cambiar el rumbo de la guerra. Pero su esperanza rápidamente se convierte en más desesperación...

Los Segadores de Almas encuentran un consuelo temporal al enterarse de que Ichigo se dirige a la Sociedad de Almas. Pero Quilge Opie usa su poder para encarcelar a Ichigo dentro de la Garganta. Mientras intenta liberarse, Ichigo puede escuchar, a través de su Teléfono de Almas, los gritos de los Segadores de Almas que caen ante el embate del enemigo. En medio de los gritos de terror y desesperación, una voz familiar llega a Ichigo y les dice a todos que no se rindan. Además, tras haber perdido su Bankai ante Äs Nödt, Byakuya Kuchiki le ordena a Renji Abarai que descubra la habilidad del enemigo mientras él actúa como señuelo.

Shigekuni Genryusai Yamamoto se enfrenta a Yhwach por primera vez en mil años. Los miembros del Stern Ritter, NaNaNa Najahkoop, Äs Nödt y Bazz-B, se unen a la lucha, pero Genryusai los derrota rápidamente. A pesar de perder a sus subordinados ante sus ojos, Yhwach los condena por sus torpes acciones, convenciendo aún más a Genryusai de que su antiguo némesis no ha cambiado en absoluto. Cuando Yhwach finalmente saca su espada contra Genryusai, los Segadores de Almas notan un cambio anormal en todo el Seireitei.