¿Qué pasaría si el mundo desapareciera de la noche a la mañana? Algo ocurrió en tierra firme varias horas después de que el buque escuela Estrella Polar zarpara del puerto. Tras una impresionante tormenta inesperada, todos los sistemas de navegación dejaron de funcionar. La comunicación se perdió y, sin respuesta del otro lado, es como si el mundo tal y como lo conocíamos hubiera desaparecido. Tras varias averías, el encendido del acelerador de partículas construido en Ginebra ha fallado, provocando un nuevo Big Bang. Lo que parecía solo una amenaza de los pesimistas se ha hecho realidad. Por suerte, había un "protocolo de seguridad extrema" en caso de que algo saliera mal. Solo Julia, la científica del barco, sabe lo importante que es que, durante la tormenta, el Estrella Polar se mantenga en la falla natural que ella fijó como coordenadas de destino. En unas horas comprenderá que algo ha salido mal y se sentirá obligada a contarle a la tripulación parte de lo que sabe: aún hay esperanzas más allá de la tragedia, pero, por ahora, decide que es mejor guardarse toda la historia.

Mientras los miembros más jóvenes de la tripulación del Estrella Polar disfrutan de su primer día a bordo, sin ser conscientes de la magnitud de lo ocurrido, los adultos intentan desesperadamente encontrar respuestas. De la Cuadra no entiende por qué no hay tierra donde la carta náutica sitúa continentes enteros, mientras Julia busca supervivientes en las ondas de radio. Mientras tanto, el capitán está convencido de que Julia sabe más de lo que parece. ¿Por qué viajó con un arma? ¿Cómo sabía que no era una tormenta normal y que debían permanecer en esas coordenadas específicas para evitar hundirse? Los alumnos disfrutan de su primera vez en alta mar. Ni siquiera 24 horas después de embarcar, Piti ya es el responsable de la primera travesura, desabrochando la parte superior del bikini de Ainhoa justo antes de saltar al agua. Sin embargo, nadie vio quién lo hizo y todos creen que fue Ulises, desde Ainhoa hasta De la Cuadra, que se encargará de hacer justicia. Sin embargo, lo más preocupante no está en la cubierta, sino en el agua. Algo le ha mordido la pierna a Vilma mientras nadaba y le duele. Cuando Bubble atrapa a la extraña criatura, sus compañeros no pueden creerlo, ya que nadie sabe de qué animal se trata. Lo que sí saben, dada su experiencia náutica, es que, sea lo que sea, no debería estar ahí. La emoción de tantos cambios y el miedo provocado por la tormenta están afectando a la pequeña Valeria, que moja la cama por accidente y no sabe cómo ocultárselo a su padre. El capitán parece aún más confundido que su hija, ya que no está acostumbrado a lidiar con estas situaciones de las que se ocupaba su mujer y no sabe cómo reaccionar.

En la medida de lo posible, el capitán intenta mantener la rutina a bordo del barco, pero las cosas se complican cuando un avión de pasajeros se estrella en aguas cercanas. A la velocidad a la que entró en el agua, es poco probable que encuentren supervivientes, pero el sonar sigue transmitiendo, así que hay que recuperar la caja negra cueste lo que cueste. Aunque a De la Cuadra no le gusta la idea, solo Ulises está capacitado para recuperar la caja negra, ya que la señal procede de 300 pies bajo el agua. El embarazo de Vilma tiene complicaciones y necesita ir a un hospital. Cuando Palomares se entera de que el capitán ha decidido no volver a puerto ni ir a un hospital, se torna iracundo y comienza a formarse un motín a bordo. Para evitar que los niños conozcan los detalles de la situación, se les prohíbe el acceso a la cubierta. Encerrados en sus camarotes, los chicos se entretienen escuchando las conversaciones de las chicas. Piti le envía a Estela un mensaje de amor en código morse, pero ella cree que es de Ramiro, quien en realidad le gusta, y acepta reunirse con él. Valeria lleva todo el día oyendo ruidos extraños y no puede evitar recordar una historia que le contó su madre sobre los "fantasmas piratas": almas de marineros muertos que acechan en el barco. El capitán, tratando de aprender a reaccionar en su nuevo papel de padre, le cuenta a Valeria una forma de ahuyentar a los fantasmas...

Julia intenta mantener la esperanza entre la tripulación. Según sus cálculos, debe quedar algo de tierra en algún lugar y finalmente la encontrarán, pero todos saben que no va a ser tan fácil. No hay suficiente comida para navegar sin rumbo. Sin frutas y verduras, caerán enfermos de escorbuto en pocos meses. Sin energía, el sistema de tratamiento de agua no funcionará y se quedarán sin agua. Mientras hacen un inventario de todo lo que tienen en el barco, encuentran una caja del ministerio que la doctora no tenía en su lista. Al abrirla, encuentran una pequeña caja metálica con un contador, que parece ser un cronómetro que muestra una cuenta regresiva. Sea lo que sea esa caja, les quedan 13 horas y 22 minutos. Ramiro no puede aceptar lo que está pasando y está convencido de que es un experimento, que son ratas de laboratorio y que alguien está estudiando sus reacciones. Intenta encontrar un aliado en Piti para convencer a sus compañeros, pero a él le preocupa más aprovechar la situación para acercarse a Estela. Alegando que es la forma perfecta de mantenerlos entretenidos, Piti convence a la doctora de que organice un evento de citas rápidas.

Más de 40.000 pájaros hambrientos y cansados van camino al barco. Están volando desde el cataclismo y buscan tierra donde descansar y alimentarse. Son una amenaza, ya que necesitan comer y la tripulación del Estrella Polar podría ser su próxima comida. Bubble cree que la situación es culpa suya, ya que ha encontrado un pequeño gorrión que se ha caído de un nido y parece bastante claro que sus padres vienen a rescatarlo. De la Cuadra le reprocha al capitán el comportamiento de Ainhoa, después de que se descubre que está teniendo una aventura amorosa en el barco sin que su padre la regañe. El capitán no considera que la vida amorosa de Ainhoa sea un problema, ya que todavía la ve como una niña y considera que su comportamiento es totalmente inocente, pero cambia de opinión cuando descubre quién es el novio de su hija. Palomares está convencido de que, dadas las circunstancias, necesitan una capilla en el barco, pero el capitán se niega. Afirma que el Estrella Polar es un barco apolítico y laico, hecho que no cambiará porque el mundo ha cambiado, pero Palomares no se rendirá tan fácilmente.

El hambre causa estragos en el carácter y la paciencia de alumnos y profesores y pronto comienzan las protestas. Gamboa aprovecha para desafiar la autoridad del capitán y propone una votación para decidir quién debe comandar el barco. Mientras tanto, el barco avanza a gran velocidad, aunque los motores están parados y las velas aseguradas. Se encuentra una explicación cuando descubren que un enorme remolino está arrastrando el barco a toda velocidad. La doctora explica que los océanos se están reajustando tras el cataclismo y que millones de toneladas cúbicas de agua están buscando su lugar en un planeta inundado, por lo que esto es solo el principio. Cuando creen que lo peor ha pasado, el barco choca contra algo y se detiene de repente. Han encallado y el barco comienza a resquebrajarse.