Moyashimon Regresa continúa donde terminó la temporada pasada, en la cual el protagonista Tadayasu Sawaki empieza a ir a la universidad de Agricultura de Tokio. Tadayasu tiene un don un tanto ortodoxo, ya que puede ver los microbios a simple vista. Junto a él, su amigo Yuki Kei le acompañara en su vida estudiantil de la mano de su profesor Itsuki-sensei y la bella Hasegawa-san.
