Takashi Natsume es un chico reservado que durante toda su vida ha vivido con distintos familiares. Él puede ver youkai al igual que podía hacerlo su abuela Reiko. Cuando Takashi se muda al pueblo donde vivía su abuela es perseguido por unos youkai que lo confundían con su abuela, quien les había robado su nombre y los había anotado en el "libro de los amigos".

Un pequeño youkai llamado Tsuyukami visita a Natsume para que le devuelva su nombre. Tsuyukami es un pequeño youkai que vive en un altar, al que solían venerar como el dios de la lluvia, aunque ahora solo una señora mayor va a visitarlo.

Unos youkai aparecen en la casa de Natsume para pedirle que los ayude a exterminar a un humano que los está exorcizando en Yatsuhara. Con la ilusión de conocer a alguien más que pueda ver a los youkai, Natsume decide ir a ver de qué se trata todo.

Sasada intenta convencer a Natsume para que vaya a la prueba de valor del viejo edificio de la escuela, allí encontrará a un youkai que tenía una conexión previa con Sasada.

Natsume se pone a revisar las viejas pertenencias de su abuela y entre ellas encuentra un viejo boleto. Intrigado por el mismo, va a revisar la estación que figura en el mismo y se encuentra a un youkai que lleva esperando a Reiko por años.

A raíz de la sequía, aparece un pueblo que estaba en el fondo del lago de una presa. De ese pueblo aparecen algunos youkai que le piden a Natsume que les devuelva sus nombres, y además otra que le pide ayuda para ver a un humano.