El primero de Enero de 1995, un avion de guerra G-Reactive estaba siendo probado, cuando fue impactado por un misterioso arcoiris de luz y desaparecio. 5 años despues, dos chicos, Billy Kimura y Penny Carter, se conocen en una estación de trenes donde un nuevo tren bala que utilizaba el G-Reactive estaba saliendo. Pero, para su sorpresa, el tren fue impactado de nuevo por el arco iris de luz y desaparece. Después de una serie de eventos y encuentros, los dos chicos descubren que los extraterrestres estaban comenzando a invadir la Tierra. Afortunadamente, científicos desarrollaron el "Sky Knight" (Guerrero del Cielo), un avion de guerra capaz de defender al mundo. Mientras los extraterrestres comienzan a invadir, Billy, Penny y sus camaradas comienzan su intento para salvar a la raza humana de la amenaza alienigena.