Cuando Aku renace para dar inicio a su reino del terror, el hijo del Emperador es enviado lejos para entrenarse como samurái. Ese niño se convierte en hombre y trata de matar a Aku con su poderosa espada, pero él lo destierra al futuro.

El samurái aterriza en el futuro y le dan el nombre de Jack. Una raza de perros lo recluta para destruir a Aku.

Jack se provee de armas y vence al ejército de escarabajos-robot de Aku, logrando así salvar a la raza canina.

Jack ayuda a liberar a los Woolies de los tiránicos Chritchellites.

Aku adopta la forma de una mujer a fin de evitar que Jack regrese al pasado para destruirlo.

Jack debe pasar por donde hay tres arqueros ciegos para lograr llegar al todopoderoso pozo de los deseos.