Драматическая ситуация, в которой атлантийцы и вся галактика Млечного Пути оказались в финале второго сезона, получит неожиданную развязку. Тем временем Элизабет Вейр придется доказать, что она по праву занимает свое место, и найти общий язык с инспектором Международного комитета с Земли — Ричардом Вулси.
Экипаж корабля-улья практически полностью превратился в людей. Убить их атлантийцам не позволяет мораль, поэтому они перевозят этих обращенных на отдельную планету, где сообщают, что все они больны, а потеря памяти — просто побочный эффект. Но среди них есть и Майкл, который чувствует, что здесь что-то не так, и поднимает восстание. Беккет попадает в ловушку.