S1, A1: Lincoln Burrows är dömd till döden för ett mord som hans yngre bror, Michael, är övertygad om att han inte begått. Med bara några månader kvar till avrättning ser Michael inga andra alternativ än att ta till drastiska åtgärder för att få sig själv inspärrad tillsammans med sin bror. Michael som är byggnadsingenjör har tillgång till ritningar för fängelset och när han anländer påbörjar han sin välgenomtänkta flyktplan tillsammans med Lincoln för att sedan bevisa hans oskuld.