Milius återvänder till Hawaii för att leda en hemlig fångutväxling.
Deacon brottas med ett stort beslut kring sin dotters framtid, samtidigt som S.W.A.T. jagar en högerextrem grupp som ligger bakom en serie hatbrott över hela staden.
Det verkar slutligen som om S.W.A.T. gripa medlemmarna i härjad, kriminell familj. Samtidigt tävlar Chris, Street och Tan om samma plats i ett elit-träningsprogram.
När Imperial Dukes återvänder måste S.W.A.T. snabbt mobilisera för att stoppa en storskalig attack. Samtidigt oroar sig Hondo för Darryl. Deacon känner sig obekväm med en ny rekryt.
Ett tragiskt uppdrag får varje medlem av SWAT-teamet att kämpa med sin emotionella stress på olika sätt.