X-Files-projektet äventyras när Mulder i hemlighet infiltrerar regeringens täckmantelhistoria rörande en UFO-krasch.
När Olivia upptäcker en farlig kraft med anknytning till Walters förflutna, tvingar hon honom att lämna labbet för första gången på många år.
När en dödlig trögflytande organism upptäcks inuti en konstig sten kämpar agenterna med att avgöra varifrån stenen kommer.
För att få trovärdiga bevis för att organismen inuti stenen är en utomjording går Mulder samman med den tvetydiga Krycek och ställs öga mot öga med hans djupa villfarelser.
Andromeda får ett rop på hjälp från Rev Bam.