Medan en mystiker av urbefolkningsursprung försöker hela Mulder följer Scully hemliga filer om utomjordiska experiment och blir ovetandes en mördares måltavla.
Scully får veta nya detaljer om mordet på sin syster medan Mulder förföljer den formlösa utomjordiska varelsen inne i Kryceks kropp.
Agenterna möter sin gamla fiende Alex Krycek, då de förföljer en radioaktiv varelse utsläppt från ett vrak från andra världskriget.