Mark Galasso

Sydney är plötsligt fången i ett mentalsjukhus med en död partner och med fara för sitt eget liv. Sydney får reda på vilken roll familjen Shepard har spelat i hennes förflutna. Sloane konfronterar Alliansen angående CIA-viruset, och de kommer till slutsatsen att SD-6 har blivit infiltrerat.

Sydney och Jack konfronteras av den nya chefen för SD-6 (Rutger Hauer) som har ersatt den försvunne Sloane, och ingen vet var han befinner sig eller vad han har för intentioner. Under tiden börjar det slå gnistor mellan Francie och Will.

Sydney berättar för Jack att hon har drömt om Will. När Sydney får reda på den mystiska "St. Aidans" verkliga identitet tvingas hon att ta den häpne Will ur vittnesskyddet. Men jakten gör att de två gamla vännerna hamnar på kollisionskurs med Allison - kvinnan som har förstört bådas liv. Under tiden arresterar den nitiska Lindsey Jack och Vaughn för att de hjälpt Sydney att fly från NSC-fängelset. Lindsey utövar fortfarande påtryckningar på Sloane, som verkställer en plan om att eliminera Sydney..

Harm is presented with a tough case when his former radio intercept officer is charged with dereliction of duty following the crash of a tomcat fighter.