Medan en mystiker av urbefolkningsursprung försöker hela Mulder följer Scully hemliga filer om utomjordiska experiment och blir ovetandes en mördares måltavla.
I samband med mordundersökningen av tre identiska läkare gör Mulder en överraskande upptäckt angående sin saknade syster och Scullys liv hotas av en hamnskiftande prisjägare.
Till synes profetiska drömmar får Mulder att leta efter de oupptäckta offren från en seriemördare, och upptäcker att ett av dem kan vara hans saknade syster, Samantha.
För att rädda sin döende mamma måste Mulder skydda den utomjordiska helaren, Jeremiah Smith, från en hänsynslös prisjägare.
Mulders drömmar när han är medvetslös leder honom bort från X-Files, men Scully håller kursen i sitt sökande efter honom.