Kapten Tom Chandler och besättningen på USS Nathan James beger sig till Arktis med två civila virologer som påstår sig studera fåglar.

James möter en ny fiende som kräver att Chandler överlämnar Rachel och hennes forskning.

Rachel är nära ett genombrott med sitt vaccin, och hon, Chandler och XO Slattery leder ett litet team in i Nicaraguas djungler på ett uppdrag att hitta apor för sina vaccinförsök.

Efter att ha återvänt från Nicaraguas fasor börjar paniken sprida sig över fartyget när överstelöjtnant Danny Green drabbas av en mystisk sjukdom som kan vara viruset.