En el estreno de la serie, los miembros de la unidad más exclusiva de los Navy SEAL deben sortear tanto su vida profesional y personal mientras entrenan, planifican y ejecutan las misiones más peligrosas y de alto riesgo que el país puede pedirles.
Tras el sorpresivo regreso de la madre de McGarrett y la dolorosa decisión de Chin en el intrigante final de la temporada anterior, el comando está decidido a encontrar a Wo Fat por haber matado a un miembro importante de su familia.
Sawyer perpetúa una mentira ante algunos de los sobrevivientes de la isla para protegerlos de errores del pasado.
Asuntos Internos interroga a Chin sobre el asesinato de su padre hace 15 años y sobre cómo su nueva relación con Malia y su familia podría haber perjudicado la investigación.
Jenna Kaye busca la ayuda de McGarrett para entregar un rescate a Corea del Norte y así salvar a su prometido. Mientras investiga la muerte de una reportera, el comando encuentra un vínculo con Jenna.