La desaparición de un importante funcionario da comienzo a una investigación que involucra a tres agentes policiales y a un criminal.
Cuando un conflicto en Europa del Este amenaza con empeorar, llaman al equipo Scorpion para que ayude a evitar la Tercera Guerra Mundial mediante reuniones pacificadoras secretas.
La relación de Reid con un niño autista podría ayudar a la UAC a localizar a los padres desaparecidos del niño. Prentiss pide ayuda a dos antiguos colegas de la Interpol para encontrar a un antiguo némesis.
En el último episodio de la temporada, Ray y Ani intentan limpiar sus nombres y solucionar el asesinato de Casper.
Ray, Ani y Paul toman las medidas necesarias para no ser detectados. Frank lidia con las consecuencias de su traición.